Возможны различные классификации в зависимости от научного подхода, от химических, биохимических и иных данных. Здесь мы не будем углубляться в рассмотрение этого вопроса. Некоторые давно известные ферменты носят традиционные названия (например, трипсин, пепсин). Другие были названы по их источнику (панкреатин, папаин). Для наименований большинства ферментов характерно окончание «аза», тогда как основа указывает на субстрат: протеазы расщепляют белки (протеины), нуклеазы — нуклеиновые кислоты. Точные названия некоторых ферментов отражают также и характер их действия (например, лактатдегидрогеназа, цитохромоксидаза).
Ферменты обычно называют, исходя из реакции, которые они катализируют. К названию субстрата добавляется окончание «аза». Ферменты можно также разделять на группы или классы — например, протеиназы, липазы, оксидазы и т. п. В соответствии с Рекомендациями Комиссии по ферментам Международного биохимического союза» их принято подразделять на 6 основных классов:
1. Оксидоредуктазы
2. Трансферазы
3. Гидролазы
4. Лиазы
5. Изомеразы
6. Лигазы (или синтетазы)
Оксидоредуктазы, катализирующие окислительно-восстановительные процессы, играют важную роль в обмене веществ.
Трансферазы катализируют перенос групп с одного субстрата на другой. Наиболее известны трансаминазы, которые имеют существенное значение для медицинской диагностики.
Гидролитические ферменты (гидролазы) вводят в субстрат молекулу воды в месте определенной связи. Известны различные группы гидролаз: эстеразы, фосфатазы, нуклеазы и др.
Лиазы — это ферменты, которые отщепляют группы от субстратов (но не путем гидролиза) или же, наоборот, присоединяют группы к двойным связям.
Изомеразы катализируют превращения альдоз в кетозы и обратную реакцию.
Лигазы осуществляют соединение двух молекул, сопряженное с расщеплением связи пирофосфата или другого сходного трифосфата.