Основным производственным помещением аптеки является ассистентская. Здесь на специальных ассистентских столах производится изготовление лекарств по рецептам врачей. Ассистент приготовляет различные лекарственные формы в соответствии с действующей Государственной фармакопеей. С этой целью он выполняет целый ряд сложных фармацевтических операций в зависимости от того, какую лекарственную форму он приготовляет (отмеривание из бюреток, отвешивание, фильтрация, растирание, измельчение, перемешивание, дозирование, расплавление основ для мазей и др.), проверку точности весов и разновесов, качество сборки бюреточной системы, чистоту и качество посуды, работу аппаратов и т. д.
В обязанности ассистента входит приготовление стерильных и асептических лекарственных форм (растворов для инъекций, глазных капель, глазных мазей и др.). Эту работу он выполняет в асептических условиях в отдельной комнате — асептической (в аптеках I и II категории), или в боксе (изолированной стеклянными перегородками части ассистентской), или, наконец, в настольном боксе, представляющем собой стол с расположенным на нем стеклянным футляром, имеющим с лицевой стороны раздвижную или опускающуюся дверцу. Как отдельная комната, так и бокс обязательно должны иметь шлюз (предбоксник). При изготовлении стерильных лекарств ассистент, помимо обычных фармацевтических операций, производит стерилизацию лекарств в специальной аппаратуре, размещенной в стерилизационной (автоклавы, сушильные шкафы).
Одно из рабочих мест за ассистентским столом занимает контролер, в обязанности которого входит распределение поступивших рецептов между ассистентами и систематическое наблюдение за изготовлением лекарств. Он осуществляет также контроль качества лекарств путем опроса ассистентов, органолептическими, физическими и химическими способами. Органолептический контроль заключается в проверке цвета лекарств, их прозрачности, запаха, вкуса, однородности смешения и др. Физический контроль выполняется путем выборочного взвешивания как лекарства в целом, так и отдельных его доз. Наконец, химический контроль заключается в проверке лекарств химическим анализом. Подготовленное и проверенное лекарство контролер передает для окончательной заделки и оформления подсобным работникам, также работающим за ассистентским столом. Помимо того, контролер сам производит отвешивание ядовитых средств (список А) и наблюдает за качеством дистиллированной воды и условиями хранения медикаментов в ассистентской.
В рецептурном отделении и отделении ручной продажи аптечных товаров работают рецептар-контролер и ручнист. Рецептар-контролер, получив от посетителя рецепт, проверяет его содержание, обращая особое внимание на дозировку и правильность прописи, после чего устанавливает стоимость лекарств (таксировка), выписывает заказчику квитанцию и, получив кассовый чек, вручает ее посетителю. Полученные рецепты он передает контролеру в ассистентскую. При отпуске изготовленных лекарств рецептар еще раз просматривает рецепт и устанавливает его соответствие виду и форме отпускаемого лекарства. Работа ручниста заключается в отпуске посетителям готовых лекарственных препаратов и других предметов аптечного ассортимента.
В аптеках производится также химический и физико-химический контроль качества изготовляемых лекарств. Эту работу выполняет аналитик, рабочий стол которого расположен в ассистентской (за исключением аптек I и II категории, которые должны иметь отдельный аналитический кабинет). В обязанности аналитика входит качественный и количественный анализ находящихся в бюретках на ассистентском столе концентрированных растворов лекарств, дистиллированной воды и лекарственных полуфабрикатов. Всю эту работу аналитик выполняет с помощью всевозможных химических операций, связанных с отсчетом делений на бюретках и пипетках, взвешиванием на аналитических весах, различением цветовых оттенков при колориметрии и др. Наряду с этим он обязан следить за получением дистиллированной воды, ее хранением и снабжением ею ассистентских столов, а также за соблюдением правил хранения медикаментов.
Все поступающие в аптеку медикаменты и медицинские изделия принимает дефектар — лицо, ведающее запасами аптечных товаров и обеспечивающее пополнение аптеки всем необходимым для изготовления лекарств и ручной продажи. Для хранения запасов предназначены материальные комнаты и подвалы. В материальной комнате в шкафах хранятся все поступления аптечных товаров, которые можно держать при нормальных температурах и влажности воздуха; в подвале хранятся товары, для сохранности которых нужна низкая температура. Некоторые лекарственные средства хранятся в холодильнике. Работа дефектара заключается в отпуске медикаментов и других товаров из запасов в ассистентскую и в отделение ручной продажи, составлении заявок и заказов, а также выполнении заказов лечебно-профилактических учреждений, прикрепленных к данной аптеке. Он ведает также изготовлением концентрированных растворов лекарств, поступающих на ассистентские столы, и внутриаптечными заготовками, представляющими собой заранее приготавливаемые смеси двух или нескольких препаратов, систематически повторяющихся в рецептуре.
В качестве подсобного персонала в аптеке работают фасовщицы и санитарки. Фасовщицы, помимо работы за ассистентским столом, производят также внутриаптечную расфасовку порошкообразных медикаментов, развешивая их согласно установленной рецептурной прописи, заделывая в бумажные пакетики. Они выполняют также объемную расфасовку в склянки или флаконы жидких лекарств, среди которых встречаются вещества, выделяющие в воздух ядовитые пары и газы (нашатырный спирт, йод и др.).
Некоторые аптечные операции производятся в стерилизационной — специальном помещении, предназначенном для стерилизации лекарств. Здесь установлены сушильный шкаф, автоклав и др. Здесь же отделена перегородкой кубовая, в которой находится перегонный аппарат с холодильником для получения дистиллированной воды. Всю разнообразную работу на этих аппаратах выполняют ассистенты и дефектар с помощью подсобного персонала.
Для изготовления и отпуска лекарств необходимы чистая аптечная тара (склянки, банки, штангласы и пр.) и посуда (воронки, цилиндры, колбы и т. д.). Их очистка, мойка и обеззараживание производятся в моечном отделении. Основным оборудованием моечной являются бетонные, облицованные кафельными плитками, или мраморные моечные ванны с 2 или 3 секциями. К ним подведена холодная и горячая вода. Обработку новой посуды начинают с замачивания в слабом мыльном растворе в течение 1—2 часов. Затем ее прочищают волосяным ершом и после промывания проточной водопроводной водой прополаскивают дистиллированной водой и устанавливают в гнезда деревянной решетки горлышком вниз. В настоящее время для мойки используют также раствор горчицы. Обработанную посуду подвергают сушке в сушильном шкафу, после чего, подобрав к ней пробки, хранят в закрытых шкафах. Особенно тщательно обрабатывают посуду для стерильных лекарств: после обычной мойки ее ополаскивают стерильной дистиллированной водой до нейтральной реакции и стерилизуют путем нагревания в автоклаве в парах воды при 110° в течение 60 минут или при 120° в течение 15—20 минут. Стерилизация может выполняться и путем нагревания посуды в сушильном шкафу при 160—170° в течение часа или текучим паром при 100° в течение 30—60 минут. Затем посуду закупоривают пробками с подложенными под них стерильными подкладками из пергаментной бумаги и устанавливают в шкафы. В крупных аптеках для обработки посуды применяют механические ополаскиватели и моечные машины. Всю работу по очистке и мытью аптечной тары и посуды выполняют санитарки.