Слово «Природа» Везалий писал с большой буквы. Он считал ее создательницей мира, превосходящей бога как «творца вещей». Позднее, когда анатома лишили возможности заниматься любимым делом, он мечтал о том, что снова сможет «вернуться к изучению подлинной Библии человеческого тела и человеческой Природы».
Удар, который Везалий нанес столь любимому церковью Галену, пришелся и по ее собственному учению и авторитету. Ведь результаты работы ученого, а главное, методы его исследования при помощи опыта создавали основу для правильного познания законов природы не только в области анатомии. Этого церковь опасалась больше всего.
Многие ученые средневековья пытались отыскать ту особую невесомую, неуничтожимую кость, которая, по утверждению духовенства, являлась ядром для будущего воскрешения тела. Везалий не описывает эту кость в своем трактате, потому что ни разу не встретил ее. «Что из этой косточки... — писал он,— снова должен вырасти человек, предоставляю рассуждать богословам, которые присваивают себе свободное рассуждение и мнение о воскрешении, бессмертии души и судьбе».
Церковь всячески поддерживала убеждение, что у мужчин одним ребром меньше, чем у женщин, потому что, согласно Библии, бог вынул его у Адама для сотворения Евы. А бесстрашный Везалий, для которого высшим судьей был опыт, говорит: «...Мнение... будто мужчины на одной стороне лишены какого-то ребра и женщина в числе ребер превосходит мужчину на одно, совершенно смешно».
Везалий смело спорил с теми учеными-богословами, которые отважно брались за анатомические описания, не прибегая к ножу. Он отстаивал истину от их малограмотных посягательств. Ученый позволял себе иронию и по адресу самого господа бога — «творца вещей». «По его милости, если только будет существовать вера (обратите внимание на это еретическое предположение), мы будем пользоваться вечным блаженством, когда не будет необходимости исследовать местонахождение и существо души путем вскрытия или с помощью нашего разума...»
В этой вольнодумной фразе хорошо виден характер смелого исследователя и существо его работы, в которой он больше всего доверял своим глазам и рукам, разуму и знаниям.
Эти средства достижения истины не были в почете у служителей церкви. Давно уже они следили за упрямым Везалием, ожидая удобного момента для удара. Его предшественник, профессор Болонского университета Яков Беренгарио, тоже отступивший от Галена, попробовал оказать сопротивление матери-церкви. Что из этого получилось? Его с позором изгнали из университета, из города. Больше анатомией профессор не занимался.
Круто сложилась судьба и парижского анатома Шарля Эстьена, прекрасно знавшего свой предмет. Почти в одно время с Везалием он выпустил книгу «Рассечение частей тела человека». Но Шарль Эстьен был протестант. Он исповедовал другую, не католическую религию, господствующую в стране. Под этим предлогом его упрятали в тюрьму, откуда он уже не вышел.
Свою большую работу — трактат «О строении человеческого тела» — Везалий посвятил императору Карлу V, а «Извлечения» — его сыну Филиппу. Это не было просто модой того времени. Ученый стремился заручиться поддержкой императорской семьи на случай возможных осложнений.
Везалий не ошибался, когда писал: «...Мой труд подвергнется нападкам со стороны тех, кто не брался за анатомию столь ревностно, как это имело место в итальянских школах, и кто теперь уже в преклонном возрасте изнывает от зависти к правильным разоблачениям юноши: им станет совестно, что хотя они и присваивают себе громкое имя в области науки, но до сих пор, вместе с прочими поклонниками Галена, были слепы и не замечали того, что мы сейчас предлагаем».
Трактат по анатомии появился в 1543 году, и уже через год Везалий не по своей воле расстался с Падуей. Кончился самый счастливый период его жизни.