Аффинитет (от лат. affinitas — родство, связь) — это родство, взаимная связь между двумя объектами. В биологии под аффинитетом обычно понимают способность клеток и тканей избирательно захватывать из окружающей среды те или иные вещества (например, аффинитет ткани серого вещества мозга к столбнячному токсину, аффинитет ткани щитовидной железы и некоторых злокачественных образовании к йоду). Аффинитет разных тканей к одному и тому же веществу, как и аффинитет одинаковых гистологических образований разных животных к тому или иному агенту, обычно различен и определяется их структурой, функцией и физико-химическими процессами, протекающими в них самих и в окружающей среде. Аффинитет ткани к тому или иному веществу может существенно меняться в результате прямых воздействий на нее или изменения реактивности организма. В основе первичных фармакологических реакций тканей на лекарственные вещества, а также реакций различных возбудителей на антимикробные препараты лежит аффинитет тканей и возбудителей к соответствующим агентам. В основе резистентности бактерий и простейших к определенным специфическим веществам в некоторых случаях лежит уменьшение их аффинитета к этим веществам. Следует при этом учитывать, что аффинитет характеризует лишь способность ткани или микроорганизма захватывать определенное вещество из окружающей среды, но отнюдь не отражает их чувствительности к нему.
Под аффинитетом понимают также взаимосвязь между представителями вида или более узкой группы, зависящую от сходства их структуры и функции и указывающую на общность их происхождения, сходство между отдельными организмами, определяемое их родством (так называемый генетический аффинитет). Термином «морбидный аффинитет» обозначают свойство некоторых патологических проявлений встречаться при ряде заболеваний одновременно или в определенной последовательности. Кроме того, различают аффинитет химический (силу, обусловливающую включение атома в состав молекулы), остаточный, или резидуальный (силу, связывающую молекулы между собой), селективный, или избирательный (свойство элементов вступать в комбинации с одними элементами, не вступая в связь с другими), и электрический (силу, с которой атомы сохраняют свои ионные заряды).