В 17 веке упрочилось Московское государство, крепла его армия. Назначение в полки лекарей, комплектование и рассылка по полкам ящиков с медикаментами и пр. возлагались на «Аптекарский приказ», возникший первоначально (в конце 16 века) в качестве придворной аптекарской «палаты», «избы». При приказе в 1654 г. были открыты военно-лекарская школа и школа костоправного дела, существовавшие несколько лет. Были открыты аптеки для гражданского населения в Москве, Новгороде, Пскове, Казани, Курске и др. (придворная аптека существовала в Москве с 1581 г.). В 1682 г. был издан указ об открытии в Москве двух «шпитален»; назначением их было не только лечение больных, но и повышение знаний молодых врачей: «II у того дела молодым дохтурам не малая польза, и науке своей изощрение...»
Быстрому росту науки, в частности медицине, способствовало отсутствие в России пережитков схоластики, тормозивших и затруднявших развитие науки в западноевропейских странах.
В годы правления Петра I талантливые молодые люди были направлены в зарубежные университеты и академии для получения высшего медицинского образования. Среди них был и П. В. Постников, получивший диплом в Падуе в 1694 г.
К важнейшим преобразованиям в медицинском деле, осуществленным при Петре I, относятся создание «генеральных госпиталей» и начало подготовки в специальных школах при этих госпиталях отечественных лекарей с практическим обучением у постели больного. Первая госпитальная школа была создана в 1707 г. при Московском генеральном госпитале (ныне Главный военный госпиталь им. Н. Н. Бурденко). Из госпитальных школ вышло немало выдающихся отечественных медиков — практиков и ученых. Центром медицинской науки вначале была Академия наук, в составе которой работали медики (А. П. Протасов, И. И. Лепехин, Н. Я. Озерецковский и др.), затем Московский университет, основанный по инициативе М. В. Ломоносова в 1755 г.; медицинский факультет в его составе был открыт в 1764 г.
Великий ученый-энциклопедист М. В. Ломоносов (1711 —1765) среди своих многообразных занятий уделял внимание также вопросам физиологии и медицины. Свои предложения по улучшению медицинского дела в стране М. В. Ломоносов изложил в письме «О размножении и сохранении российского народа» (1761). В первую очередь он считал необходимым увеличение числа врачей и повивальных бабок, улучшение их подготовки, устройство больниц и аптек, борьбу с вредными для здоровья обычаями, особенно ведущими к высокой смертности новорожденных. Он бичевал многие церковные обряды (крещение в холодной воде, посты, разговенья и др.), именуя попов «душегубцами». В области науки М. В. Ломоносов настаивал на необходимости достоверных знаний, получаемых в результате «...надежных и много раз повторенных опытов».
Передовые русские врачи второй половины 18 века были учениками или последователями М. В. Ломоносова. Они выдвигали те же насущные общественно-медицинские задачи (борьба с эпидемиями, высокой детской смертностью, улучшение подготовки отечественных медиков, повивальных бабок) и самоотверженно участвовали в их решении. В научной области они являлись представителями самых передовых для своего времени взглядов.
Первым русским профессором медицинского факультета Московского университета (с 1768 г.) был С. Г. Зыбелин (1735— 1802). Среди преподававшихся им предметов главное место занимали внутренние и детские болезни. С. Г. Зыбелин развил учение об индивидуальном подходе к больному. Это положение стало в дальнейшем ценной традицией медицинской науки и практики в России. Свои публичные выступления С. Г. Зыбелин также посвящал высокой заболеваемости и смертности детей раннего возраста, правильному вскармливанию. Эта тематика представляла отклик на запросы тогдашней российской действительности.
Н. М. Максимович-Амбодик (1744— 1812) посвятил свою деятельность в первую очередь подготовке повивальных бабок, улучшению акушерской помощи в стране. Его капитальный труд «Искусство повивания, или наука о бабичьем деле» (1784—1786) явился первым в России руководством по родовспоможению. Кроме того, Н. М. Максимович-Амбодик успешно работал в области лекарствоведения и медицинской ботаники, опубликовав большой труд «Врачебное веществословие, или описание целительных растений» (1783—1788), анатомо-физиологический и ботанический словари и ряд переводов. Деятельность его может служить примером разносторонней образованности наших выдающихся врачей 18 века, их благородного служения стране.
Этими же чертами отличалась деятельность Д. С. Самойловича (1744—1805), посвященная главным образом борьбе с чумой. В 70-х годах чума опустошила Москву; в ликвидации эпидемии самоотверженно принимали участие Самойлович, Зыбелин и другие русские врачи. Д. С. Самойлович в работах, основанных на большом опыте, накопленном в разных местностях страны, возражал против распространенного тогда учения о «миазмах», якобы разносящих болезнь по воздуху, и настаивал на контагиозном ее характере. Следуя методу Ломоносова, он проводил «самоточнейшие испытания». Самойлович предложил делать прививку чумы медицинскому персоналу по типу вариоляции. Он осуждал распространенное тогда выжигание пораженных чумой населенных мест, длительную изоляцию больших территорий и требовал ведения борьбы с эпидемией гуманными методами: «...жителей не обеспокоивая ниже наималейше». Д. С. Самойлович был избран членом 12 академий разных стран, но на родине долгое время был почти забыт. В этом сказалось «засилье чужеземцев» в руководящих учреждениях страны, против которого боролись М. В. Ломоносов и передовые русские врачи. Всех их характеризует самоотверженная работа «для пользы общенародной» (выражение Самойловича) и прогрессивные для 18 века научные взгляды.
В числе выдающихся ученых-врачей того времени можно назвать К. И. Щепина, первого преподавателя хирургии на русском языке; А. М. Шумлянского, описавшего микроскопическое строение почки; М. М. Тереховского, опровергнувшего в эксперименте самопроизвольное зарождение, и ряд других.
Передовые черты были присущи в 18 веке не только отдельным ученым, но и строю лечебных заведений страны в целом. «Генеральный регламент о госпиталях» (1735) предусматривал вскрытие умерших в госпиталях. Важной чертой было возглавление лечебного заведения врачом. Врачебное руководство лечебным заведением не являлось тогда правилом в других странах: нередко больницу возглавлял интендант, попечитель, а врач подчинялся им; военные госпитали часто возглавлялись строевыми офицерами. Это же имело место в России позднее, в годы аракчеевщины и николаевской реакции. Медицинское дело в России в 18 веке выгодно отличали также большее, чем в других странах, применение вариоляции (прививки натуральной оспы), организация «оспенных домов», издание подробных инструкций и описаний прививок.
Число врачей в России со 150 (преимущественно иноземцев) в начале 18 века возросло к концу века до 1500 (преимущественно уроженцев России). Из них несколько более половины находилось на гражданской службе, остальные — в армии и флоте. Число военных госпиталей возросло с 1 до 20. Врачи были сосредоточены почти исключительно в крупных городах и местах стоянок войск; это совершенно не отвечало потребностям страны. Несмотря на рост абсолютного числа врачей, сельское население было практически лишено медицинской помощи.
В 19 веке отечественная медицинская наука, развиваясь в тесной связи и взаимодействии со всей мировой медициной, заняла в ней во многих разделах передовое место.
Большое значение имела деятельность центров медицинского образования, являвшихся одновременно научными центрами. После Московского университета была основана в 1798 г. Петербургская медико-хирургическая академия (с 1881 г.— Военно-медицинская) с отделением в Москве (слитым в 1844 г. с медицинским факультетом Московского ун-та). За этим последовало открытие университетов с медицинскими факультетами: в Дерите (ныне Тарту) — в 1802 г., Вильне (ныне Вильнюс) — в 1803 г., Казани — в 1804 г., Харькове — в 1805 г., Киеве — университета в 1834 г., медицинского факультета — в 1841 г. и др.