Гистологическое строение промежностной и вышележащей части прямой кишки весьма различно. Покров промежностной части является продолжением кожного, но лишен волос, сальных и потовых желез, а эпидермальная его часть истончена до 4—5 слоев клеток вместо 15—20. Слизистая оболочка прямой кишки содержит трубчатые железы (glandulae intestinales) и лимфатические фолликулы (folliculi lymphatici). Подслизистый слой весьма богат кровеносными и лимфатическими сосудами. Мышечный слой, наиболее толстый, составлен внутренними — циркулярными и наружными — продольными волокнами. Серозный покров состоит из однослойной мезотелиальной ткани и 4— 5 тонких слоев эластических волокон.
Физиология прямой кишки — см. Дефекация.