Своеобразие клинической картины первичного аффекта определяется патологоанатомическим строением твердого шанкра. Нельзя понять клиники первичного аффекта, не зная его патологоанатомического строения и развития. Бледные трепонемы проникают через эпидермис в дерму, где и развиваются основные патологические изменения. На кроликах показано, что уже через 2 дня бледные трепонемы в виде сигарообразных скоплений внедряются в ткани в окружности места прививок. Они обнаруживаются в лимфатических щелях, клетках эндотелия, в периваскулярных пространствах. Бледные трепонемы, как правило, располагаются между клетками и волокнами. Реакция начинается с легкого отека; увеличения размера и числа соединительнотканных клеток; очень рано возникает новообразование капилляров. Инфильтрация лимфоцитами и плазматическими клетками представляет собой более позднюю стадию. Инфильтрат этот вначале отмечается вдоль сосудов. В свежих шанкрах преобладают лимфоциты; при длительном существовании шанкра число плазматических клеток возрастает. В развитом состоянии в центре первичного склероза имеется обильное скопление клеток инфильтрата, состоящего из гистиоцитов, лимфоцитов и эпителиоидных клеток. В более поздних периодах возможно появление также гигантских клеток. В ткани шанкра образуется много новых капилляров. Стенки сосудов резко изменены; эндотелий набухший, оболочки утолщенные. Сосуды нередко облитерируются. Развиваются эндо-, мезо-, периартерииты, флебиты, лимфангоиты. Соединительная ткань гиперплазирована.
Изменения в эпидермисе возникают как вторичные явления. Появляется межклеточный отек, пролиферация клеток эпидермиса, спонгиоз, паракератоз. При распаде шанкра могут образовываться дефекты ткани большей или меньшей величины — эрозии и язвы. При обратном развитии инфильтрат рассасывается, заменяется рубцовой тканью и развивается больший или меньший рубец, иногда микроскопический. В случаях поверхностно расположенных эрозивных шанкров и этот микроскопический рубец может отсутствовать, особенно при раннем лечении.
Клинико-морфологическая картина твердого шанкра может быть разнообразной. Она определяется как общим состоянием организма (реакция тканей), так и анатомическими особенностями на месте проникновения инфекции.
Возраст, общее истощение больного могут обусловить неблагоприятное течение инфекции, развитие атипических, тяжело протекающих сифилом. Еще в прошлом столетии Бассро (Basserau) говорил, что «шанкр — пробный камень состояния организма». Общеизвестно дурное течение шанкров у алкоголиков — «винно-фагеденический шанкр».
На клинику и морфологию шанкра влияет и локализация. Шанкры миндалин имеют один вид, шанкры языка — другой; своеобразны шанкры ногтевой фаланги пальцев рук. Шанкры заднего прохода часто развиваются из линейных радиальных нарушений целости эпидермиса, симулируя трещину около заднего прохода. Шанкр нередко повторяет очертания того нарушения целости ткани, из которого он развился.