Поздние изменения в трупе развиваются медленнее, чем ранние, и внешне проявляются позднее. В обычных условиях труп подвергается воздействию внешних факторов, основными из которых являются кислород воздуха, влажность и температура окружающей среды. Изменение параметров даже одного из названных факторов резко отражается на биохимических процессах разложения, происходящих в трупе. Отдельные виды поздних трупных изменений заканчивают свое формирование спустя месяцы и даже годы. В зависимости от условий окружающей среды труп может подвергаться разрушению или консервации.
К поздним трансформативным, или разрушающим, изменениям трупа относятся процессы гниения, приводящие в конечном итоге к полному исчезновению органических субстанций. Гниение — сложный микробиологический процесс, заключающийся в разложении органических субстанций, прежде всего белков, в органах и тканях под воздействием различных микроорганизмов. При благоприятных условиях (достаточная влажность, доступ кислорода воздуха, положительная температура внешней среды) микроорганизмы начинают усиленно размножаться, выделяя большое количество протеолитических ферментов, которые и расщепляют органические соединения.
Как правило, в процессе гниения принимают участие как аэробы, так и анаэробы. Наиболее интенсивно этот процесс развивается под действием микроорганизмов, относящихся к группе аэробов. Под влиянием анаэробов гниение протекает более медленно, с выделением веществ, имеющих крайне неприятный запах. В действиях микроорганизмов наблюдается более или менее выраженная закономерность. Одни разлагают белок до пептонов, альбумоз и аминокислот, другие до конечных продуктов распада; к ним относятся валериановая, уксусная, щавелевая кислота, крезол, фенол, метан, аммиак, азот, кислород, водород, углекислый газ и т. д. Среди них газы — сероводород, метилмеркаптан и этилмеркаптан, обладают специфическим для гниения запахом. Патогенные микроорганизмы при гнилостном распаде тканей трупа под воздействием «банальной» флоры подвергаются общим законам разложения и в связи с этим заражение инфекционными заболеваниями при контакте с трупом практически не происходит.
Интенсивность процесса гниения зависит от многих причин. Наиболее оптимальные условия для гниения трупа возникают при температуре окружающей среды 30, 40 °С. Гниение быстро развивается на воздухе, медленнее в воде и еще медленнее в почве. Трупы, находящиеся в гробах, особенно при их герметизации, загнивают еще более медленно. При температурах 0— 1 и 50, 60 °С процесс гниения резко замедляется, а при сухом воздухе может прекратиться совсем и труп постепенно переходит в состояние естественной мумификации. Если смерть наступила от сепсиса или при наличии других гнойных процессов, гниение значительно ускоряется. При длительных атональных состояниях барьерные функции толстого кишечника нарушаются, что благоприятствует распространению кишечной флоры еще в период умирания, это обстоятельство способствует одновременному развитию гниения во всех органах.
Гнилостные процессы в трупе начинают проявляться вскоре после наступления смерти. Гниение обычно начинается в толстом кишечнике и выражается в образовании гнилостных газов. Анатомически слепая и сигмовидная кишки непосредственно прилежат к передней стенке живота. Сероводород, содержащийся в гнилостных газах, проникает через кишечную стенку, соединяется с железом гемоглобина крови сосудов брюшной стенки и, образуя сульфгемоглобин, окрашивает в зеленый цвет переднюю брюшную стенку в подвздошных областях. Первые признаки гниения в обычных комнатных условиях (16, 18 °С) появляются на 2—3-й день в виде зеленоватых пятен в правой, а затем и в левой подвздошных областях (трупная зелень). Затем на 3—4-й день вследствие нарастающего давления гнилостных газов в брюшной полости микроорганизмы распространяются по венозным сосудам, вызывая гниение крови, что образует гнилостную венозную сеть грязно-зеленого цвета, хорошо видимую при наружном осмотре трупа.
Гнилостные газы скапливаются в подкожно жировой клетчатке и растягивают кожу, образуя трупную эмфизему. Особенно раздутыми оказываются лицо, губы, молочные железы, живот, мошонка, конечности. В связи с образованием трупной эмфиземы тело трупа приобретает необычно большие размеры.
Газы, скопившиеся в клетчатке шеи и глоточного кольца, выталкивают язык из полости рта, и он выступает из-за зубов. Давление газов в брюшной полости может достигать двух атмосфер. Под воздействием газов содержимое желудка может переместиться через пищевод в полость рта — возникает так называемая посмертная «рвота». К этому времени вся кожа трупа приобретает грязно-зеленый цвет. Эпидермис на отдельных участках отслаивается, образуя пузыри с серозно-кровянистым содержимым. При разрыве пузырей обнажается влажная, буровато-красная поверхность дермы.