Порядок назначения экспертизы предусмотрен действующим УПК. Следователь, признав необходимым производство экспертизы, составляет об этом постановление. В нем указываются основания для назначения экспертизы, фамилия эксперта или наименование учреждения, в котором будет произведена экспертиза, вопросы, поставленные для разрешения, материалы, предоставляемые в распоряжение эксперта (ст. 184 УПК). При назначении для производства экспертизы нескольких экспертов они, прежде чем составить заключение, совещаются между собой. При единогласных выводах экспертов они составляют и подписывают общее заключение, при разногласиях каждый эксперт дает свое заключение (ст. 80 УПК).
Стремление к повышению доказательственного значения экспертных заключений привело к существованию нескольких предусмотренных УПК организационных форм экспертиз. Кроме первичных экспертиз, по предложению следственных органов могут проводиться дополнительные экспертизы. Необходимость в дополнительном заключении чаще всего возникает в связи с недостаточной ясностью или полнотой первичного заключения или в связи с новыми следственными данными. Проведение такой экспертизы поручают прежнему или другому эксперту, который уточняет или расширяет ранее сделанные выводы (ст. 81 УПК). Повторную экспертизу производят при необоснованности заключения эксперта или сомнении в его правильности (ст. 81 УПК). Для проведения повторной экспертизы приглашают другого эксперта или несколько других экспертов.
Некоторые виды судебно-медицинской экспертизы должны производиться обязательно с участием соответствующих специалистов. К таким экспертизам относят: 1) определение степени утраты трудоспособности; 2) экспертизы по делам о привлечении к уголовной ответственности медицинских работников за профессиональные правонарушения; 3) особо сложные экспертизы по материалам следственных и судебных дел.