Самоочищение почвы — весьма сложный процесс, зависящий от структуры, химического состава, физических свойств, бактериальной флоры и фауны почвы.
Решающая роль в переработке органических веществ принадлежит микробам. Распад органических веществ (белка) осуществляется в два этапа — через минерализацию и нитрификацию.
Процесс минерализации органических веществ может проходить в аэробных условиях (при доступе кислорода) и в анаэробных условиях (при отсутствии или недостаточном количестве кислорода). При этом органические вещества подвергаются распаду вследствие деятельности ферментов, выделяемых микробами, грибами, и т. п. В анаэробных условиях процессы гниения и брожения органических веществ сопровождаются выделением зловонных газов (аммиака, сероводорода, метана и др.), поэтому почвенное обезвреживание отбросов следует осуществлять с помощью аэробных процессов при доступе кислорода. В процессе минерализации гибнут возбудители заразных заболеваний, а яйца глистов теряют жизнеспособность.
Процесс нитрификации осуществляется аэробными нитрифицирующими микробами. Конечные продукты, образовавшиеся при минерализации, под влиянием этих микробов переходят в сложные химические соединения, необходимые для питания растений.
На определенном этапе разложения органических веществ образуется особый продукт — гумус (перегной). Гумус медленно разлагается и отдает растениям необходимые питательные вещества. Он не издает зловония и не содержит микроорганизмов, кроме спороносных.