При обработке материала учитывают высокую растворимость липидов в органических растворителях. Поэтому пользуются срезами, полученными на замораживающем микротоме. Заливка в парафин и целлоидин производится лишь при использовании тех методов выявления липидов, при которых их предварительно переводят в нерастворимое состояние (например, воздействием бихромата калия). В качестве фиксатора используют формалин. Для сохранения фосфатидов в раствор формалина рекомендуется добавлять 1 % хлористого кальция. В случае необходимости материал может быть залит в желатину. Окрашенные срезы заключают в глицерин, глицерин-желатину и сироп фруктозы.
Наиболее часто употребляют следующие методы выявления липидов. Окраска судановыми красителями (судан III, шарлах красный, судан черный) производится для суммарного выявления липидов; специфичность метода общепризнанна. Для определения свободных жирных кислот применяется окраска ниль-блаусульфатом, при которой жирные кислоты окрашиваются в синий цвет, а нейтральный жир — в розовый, и реакция Фишлера, позволяющая получить синее окрашивание жирных кислот (нейтральный жир не окрашивается). Ненасыщенные жирные кислоты вместе с другими ненасыщенными соединениями могут быть выявлены методом Смита — Дитриха. Менее проверены для определения жирных кислот метод Гомори с применением солей свинца и сульфида аммония и рекомендация Окамото (К. Okamoto) использовать в реакции Фишлера не гематоксилин, а пара-диметил-амино-бензаль-роданин. Реакции Шиффа и Главинда позволяют обнаруживать продукты окислительного превращения нейтрального жира — альдегиды и перекиси. Метод Бейкера — надежный способ выявления фосфатидов. Можно использовать также методы Чаччо и Меныпика, однако они, по-видимому, менее надежны. Пирс (A. Pearse ) предлагает использовать для выявления фосфатидов медьсодержащие фталоцианины. Реакция Шультца для выявления холестерина и его эстеров наиболее распространена. Свободный холестерин хорошо выявляется реакцией с дигитонином.
Для определения природы выявляемого липида большое значение имеет избирательная экстракция отдельных групп липидов теми или иными растворителями. Разработана схема последовательной экстракции небольших образцов с докраской судановыми красителями [Кейлиг (J. Keilig)]. Окамото и др. предлагают метод дифференцированного определения фосфатидов, цереброзидов, сфингомиелина и лецитина и отдельно сфингомиелина, используя нитрат ртути и обработку дифенилкарбазоном. Во всех случаях гистохимического выявления липидов целесообразно проводить контроль липидной природы выявляемых веществ. В качестве растворителя, удаляющего все липиды, рекомендуется подогретая смесь (1:1) метилового спирта и хлороформа.