Будучи местом обитания патогенных микроорганизмов, почва является еще возможным фактором заражений и заболеваний человека и животных паразитическими простейшими; заражение происходит при заглатывании их покоящихся форм или цист. Человек заражается цистами лямблий (см. Лямблиоз) и других жгутиковых, цистами дизентерийной амебы (см. Амебиаз), кишечных инфузорий — балантидий (см. Балантидиаз). Весьма значительна роль почвенного фактора в заражении человека, животных и растений большой группой геогельминтов, в том числе аскаридами (см. Аскаридоз), власоглавом (см. Трихоцефалез).
Развитие яиц геогельминтов завершается после выделения их из кишечника хозяина, причем скорость развития яиц зависит от наличия кислорода, необходимой влажности и температуры окружающей среды (в частности, вертикального температурного градиента), степени инсоляции, физических и химических свойств почвы. При неблагоприятных природных условиях развитие яиц замедляется или они погибают. Инвазионны лишь яйца, содержащие зрелых живых личинок. У некоторых кишечных геогельминтов (анкилостома, некатор) личинки выходят из созревших яиц в почву и после дополнительного развития способны проникать через кожу человека. Через кожу заражается человек кишечной угрицей (Strongyloides stercoralis). Названные гельминты при наличии больных людей и отсутствии или недостаточности санитарного надзора могут получить распространение в глубоких шахтах. Личинки анкилостомид собак и кошек, проникнув из почвы в кожу человека, вызывают долго не заживающие дерматиты. Заражение человека трихостронгилидами (Trichostrongylus colubriformis и др.) происходит только при случайном заглатывании их свободных личинок. Яйца биогельминтов (цепней), нуждающиеся в промежуточном хозяине, поступают в почву уже в инвазионном состоянии. Основные факторы распространения протистов и гельминтов — фекальное загрязнение, особенно при внесении в почву сточных вод и необезвреженных нечистот при выращивании овощей, ягод, а также пренебрежение правилами личной гигиены.
В последнее время уделяется внимание взаимоотношениям компонентов микрофлоры почвы (бактерий, хищных грибов, актиномицетов), протистов между собой и влиянию их на яйца и личинки гельминтов. Установлено антагонистическое действие почвенной амебы (Amoeba albida) на гриб, вредящий хлопчатнику. Для борьбы с патогенными почвенными нематодами человека, сельскохозяйственных животных и растений предлагается вносить в почву споры хищных грибов — гифомицетов из рода Didymozoophaga. Допускают возможность угнетающего действия актиномицетов и бактерий, выделенных из почвы полей орошения, на развитие яиц аскарид. Почва также служит субстратом для многих эктопаразитов, переносчиков трансмиссивных болезней (клещи, блохи, москиты, мухи, слепни). Некоторые виды клещей, жуков, личинки блох, власоеды, муравьи являются промежуточными хозяевами для гельминтов. В почве живут многие насекомые — вредители сельского и лесного хозяйства, садов и огородов.