Лекарственная клизма применяется у недоношенных детей очень редко. Перед ее введением предварительно, минут за 15—30, ставят очистительную клизму. Если у ребенка был недавно самостоятельный стул, то лекарственную клизму можно ставить без предварительного очищения кишечника. Наконечник вводят в прямую кишку через газоотводную трубку, которая вставлена несколько глубже, чем при очистительной клизме, примерно на 4—6 см. Жидкость вводят в подогретом виде, при температуре 30—35° С, в количестве 5—15 мл. При выведении из прямой кишки газоотводной трубки ягодицы ребенка сжимают рукой в течение нескольких минут, чтобы дать возможность вводимой жидкости всосаться.
Лекарственную клизму можно также вводить из шприца, через вставленный в прямую кишку резиновый катетер.