При хроническом панкреатите обнаруживаются диффузные или, гораздо чаще, ограниченные областью головки, тела или хвоста железы воспалительно-дегенеративные, некротические и атрофические изменения железистой ткани и разрастание соединительной ткани органа. Наряду с этим имеют место признаки регенерации органа в виде участков гиперплазии с образованием аденом. Могут поражаться как ацинозные клетки, так и ткань островков. В зависимости от характера и длительности патологического процесса в поджелудочной железе преобладают атрофические и гипертрофические явления или происходит развитие фиброза.
В начальных фазах болезни наблюдаются небольшое увеличение и уплотнение органа, кровоизлияния и явления отека. В дальнейшем возникают рубцовые изменения, обызвествление, нарушение проходимости протоков; железа может иметь хрящевую консистенцию, размеры ее уменьшаются. При гистологическом исследовании встречаются очаги острого воспаления и геморрагического некроза, преимущественно внутридольковое разрастание соединительной ткани, очаги регенерации, развитие мелкокистозных полостей вследствие сдавления протоков. Островки Лангерганса долго остаются неизмененными, но в дальнейшем атрофируются и подвергаются склерозированию. Наряду с этим иногда выявляется их гипертрофия.