Наиболее представительным направлением в психиатрии является клиническое, так как психиатрия является клинической дисциплиной. Начало клинического направления в психиатрии следует связывать с реформой (1793) французского психиатра Ф. Пинеля, который, по образному выражению отечественного психиатра Н. Н. Баженова, ввел сумасшедшего в ранг больного.
На основе клинических наблюдений строились гипотезы о природе психических расстройств, предлагались их систематики. Многие из этих гипотез-систематик имели ограниченное значение, и лишь отдельные из них оказывали заметное влияние на развитие психиатрии. Среди них концепция единого психоза (без выделения отдельных болезней), концепция вырождения — дегенерации, согласно которой психические болезни, возникая под действием наследственных и внешних факторов, имеют особые стадии развития. В первых поколениях наследственное предрасположение и неблагоприятные факторы вызывают, по его мнению, лишь легкие психические расстройства и нарушения поведения, в последующих поколениях психические расстройства углубляются и завершаются слабоумием, параличами.
Ж. Эскиролем была высказана идея о предрасполагающих и реализующих факторах в развитии психических заболеваний. Эта идея нашла отражение в трудах многих других психиатров и в известном отношении также созвучна современному понятию о факторах риска заболеваний. Предпринимались попытки выделения психических заболеваний по принципу соматических болезней. Французским психиатром Байлем в 1822 г. был выделен прогрессивный паралич. Это явилось важным событием в психиатрии, подтвердившим ее родство с другими медицинскими специальностями. Следующим важным событием в клинической психиатрии было выделение С. С. Корсаковым полиневритического алкогольного психоза, названного позже корсаковским психозом.
Описание нового заболевания с учетом этиологического фактора и особенностей клиники подтвердило методологическую общность психиатрии с другими медицинскими специальностями и перспективность клинического направления. Основываясь на особенностях клиники и исхода психических заболеваний, Э. Крепелин создал их систематику. Вместе с тем среди психиатров клинического направления были различия в понимании сущности психических заболеваний. У психиатров западных стран преобладали идеалистический и дуалистический подходы. Так, один из выдающихся немецких психиатров второй половины прошлого столетия В. Гризингер считал вопрос о превращении механических, электрических процессов в психические неразрешимым. Среди русских психиатров второй половины прошлого столетия получили распространение материалистические взгляды на природу психических расстройств. П. П. Малиновский в книге «Помешательство как оно является врачу в практике» (1843) писал, что психические расстройства возникают в результате прямого или опосредованного поражения мозга. Специально проводилось изучение соматического состояния психически больных. И. П. Мержеевским была опубликована книга «Соматические исследования неистовых больных». Получили мировую известность и психопатологические исследования о псевдогаллюцинациях В. X. Кандинского. Наиболее полно попытки материалистического объяснения природы психических расстройств представлены в трудах С. С. Корсакова — основоположника Московской школы психиатров. Он подчеркивал, что нервный механизм, составляющий субстрат психической деятельности, действует по типу сложного рефлекторного акта. С. С. Корсаков особое внимание уделял изучению течения заболевания. Им были выделены как отдельные периоды, так и формы течения психических болезней. С его именем связано создание динамической психиатрии, или психиатрии течения.
Важным в теоретическом и практическом отношении этапом развития клинической психиатрии явилось создание нозологической классификации психических расстройств, предложенной немецким психиатром Э. Крепелином в период его работы в Юрьевском (Тартуском) университете. Он выделил первоначально как самостоятельное заболевание dementia praecox (раннее слабоумие), названное позже (Э. Блейлер) шизофренией. Э. Крепелин дал описание и других заболеваний. Одним из существенных принципов систематики Э. Крепелина было выделение исхода заболевания. Эта идея нашла отражение в названии такого распространенного заболевания, как dementia ргаесох, где делается акцент на неблагоприятный исход этой болезни. При систематике психических болезней С. С. Корсаков особое внимание уделял описанию начальных проявлений болезни, стадийности ее развития.
Введение нозологического принципа в психиатрию утверждало ее как медицинскую специальность. Вместе с тем не везде нозологическая классификация психических расстройств получила признание. Так, в США А. Мейер активно выступал против нозологического принципа в психиатрии, так как полагал, что психические расстройства — это по сути проявление реакции личности на те или иные факторы. Эти реакции определяются индивидуально, психобиологическими особенностями личности и характером вредностей (психические, соматические, инфекционно-токсические и т. д.). Это направление получило название психобиологического. В последующем психобиологическое направление трансформировалось в психодинамическую психиатрию, имеющую методологическую общность с фрейдизмом. В отдельных странах нозологическая систематика Крепелина была принята частично; в классификациях психических заболеваний были представлены традиционные синдромологические определения некоторых психических расстройств. Например, во Франции — хронические бредовые психозы, галлюцинозы и т. д., в Скандинавских странах — реактивные, конституциональные психозы.