Документация медицинской службы гражданской обороны учитывает номенклатуру поражений, размеры и состав санитарных потерь, способствует проведению быстрой сортировки пораженных и обеспечивает преемственность их лечения. Документация МСГО облегчает руководство медицинской службой и обеспечивает анализ санитарных последствий военного времени. Документация МСГО разделяется на учетную и отчетную. К учетной документации относится документация лечебно-эвакуационного предназначения и документация учета деятельности медицинских учреждений.
Учетной документацией лечебно-эвакуационного предназначения являются: карточка первичного учета, эвакопаспорт, история болезни и эвакуационная документация медицинских распределительных пунктов (МРП), эвакоприемников (ЭП) и сортировочных площадок головных больниц или сортировочно-эвакуационных госпиталей (СЭГ). Карточку первичного учета заполняют на каждого пораженного там, где ему впервые оказывают врачебную помощь. В эвакопаспорте, заполняемом в ОПМ, указывают маршрут следования автомашины, количество и категории пораженных, находящихся в ней. Истории болезни в ОПМ заполняют только на нетранспортабельных пораженных; во всех стационарных лечебных учреждениях — на каждого пораженного. На МРП ведется ведомость учета загрузки каждого больничного коллектора, а на сортировочной площадке головной больницы, СЭГ и ЭП — ведомость загрузки каждой профилированной больницы больничного коллектора.
К документации учета деятельности медицинских учреждений в системе МСГО относят: журналы учета переливания крови, регистрационный, лабораторных исследований, профилактических прививок, карту выбывшего из стационара и др. В системе МСГО используются некоторые учетные формы медицинских документов органов здравоохранения мирного времени (результаты рентгенологических, лабораторных, клинических исследований и др.).
К отчетной документации МСГО относятся: внеочередные донесения, ежедневные формы медицинской отчетности, а также периодические медицинские отчеты по подчиненности в установленные сроки.