Исследование копроантител (антител в кале) проводят по методу двойной диффузии. Экстракт кала центрифугируют, и для анализа используют надосадочную жидкость. Кал должен быть свежим, и обработку проб следует проводить максимально быстро. Результаты метода менее воспроизводимы и надежны, чем данные сывороточных тестов. Образование неспецифических комплексов, напоминающих комплекс антиген — антитело, нередко приводит к ложноположительным результатам. Кроме того, превращения антител в кишечнике или пробе до ее обработки также приводят к ложноположительным результатам.
Копроантитела к молоку были обнаружены у детей с желудочно-кишечным типом аллергии, причем в ряде случаев в сыворотке крови этих больных антитела выявить не удалось [94, 95]. Тем не менее копроантитела нельзя считать надежным показателем аллергии к молоку, поскольку их часто определяют и у больных с неспецифической диареей [96].