Великая Октябрьская социалистическая революция привела к торжеству подлинного гуманизма, благодаря чему оказалось возможным действительно реорганизовать систему отечественного военного здравоохранения на основе передовых идей и достижений военной медицины.
Молодой Советской республике, окруженной со всех сторон контрреволюционными белогвардейскими бандами и интервентами, достались в наследство тяжелая разруха, почти полностью парализованный транспорт, голод и повальная эпидемия сыпного и возвратного тифов. В этих крайне тяжелых условиях революционный народ, ставший подлинным хозяином своего государства, руководимый ленинской Коммунистической партией, разгромил контрреволюционные белые армии и иностранных интервентов. Партия в своей программе провозгласила профилактические основы советского здравоохранения. Достижения медицинской науки были обращены на службу медицинскому обеспечению защитников революции.
В разнородно организованных отрядах Красной гвардии была создана первая импровизированная медицинская организация, явившаяся плодом самодеятельности на местах. Впоследствии по мере формирования регулярной Красной Армии постепенно возникла стройная система медицинского обеспечения войск, основанная прежде всего на профилактических принципах.
Перестройка проходила в борьбе с буржуазной системой военного здравоохранения и представляющими ее органами: старым Главвоенсанупром (ГВСУ), Центропленбежем и «общественными» организациями (органами Красного Креста, Городского и Земского союзов и пр.). 4 декабря 1917 г. декретом Совнаркома была назначена коллегия для заведования ГВСУ С 15 июня 1918 г. в ГВСУ было установлено единоначалие с подчинением Наркомздраву РСФСР и оперативным подчинением Реввоенсовету Республики. Это диктовалось прежде всего необходимостью строго распределять скудные средства, обеспечивая потребности фронта, не забывая в то же время о нуждах населения.
Военные врачи стали полными распорядителями в системе военно-медицинского обеспечения Красной Армии. 10 сентября 1918 г. была утверждена «Временная инструкция учреждениям, ведающим эвакуацией», установившая эвакуационные органы: центральные (эвакоотделы главного и окружных военно-санитарных управлений) и местные (головные, вспомогательные и местные эвакопункты). Одновременно были изданы «Инструкция по эвакуации от боевой линии дивизии до головного эвакопункта», «Инструкция начальникам эвакуационных пунктов» и другие руководящие документы. Наконец, общие основы организации Красной Армии нашли свое отражение в приказе РВСР № 220 1918 г., в котором, как и в приказе РВСР № 2314 1919 г., регламентировалась стройная организация военно-медицинского обеспечения, характеризующаяся единым управлением и единством действий: в центре — ГВСУ, далее — военно-санитарного управления фронтов, санитарные отделы армий, дивизий и бригад, врачи полков и т. д. Этапы медицинской эвакуации представлены были полковым перевязочным отрядом, бригадным лазаретом, полевым подвижным госпиталем дивизии и системой эвакопунктов, игравших роль распределителей-заградителей (дивизионных, армейских и фронтовых), с задачей — задерживать легкораненых для лечения в ближайшем тылу и осуществлять санитарный контроль, изоляцию и госпитализацию острозаразных больных. Величайшие экономические трудности молодой Советской республики, зажатой в кольце интервенции, далеко не везде позволяли осуществить эту систему, но там, где это было возможно, хирургическая помощь приближалась к полю боя и проводилась ранняя хирургическая обработка ран, эвакуация сливалась с лечением в единый процесс, проводились в жизнь противоэпидемические мероприятия.
Деятельность медицинской службы в это время крайне осложнялась широко распространяющейся эпидемией паразитарных тифов. На VII Всероссийском съезде Советов В. И. Ленин вынужден был предельно жестко поставить вопрос о противоэпидемической борьбе: «Товарищи, все внимание этому вопросу. Или вши победят социализм, или социализм победит вшей».