Сапрофиты — это микроорганизмы, использующие в качестве источников питания субстраты из неживых объектов, в противоположность микробам-паразитам, способным жить за счет продуктов обмена в тканях живых организмов. Сапрофиты широко распространены в природе, встречаются в почве, воде, воздухе, в организме человека и животных.
Как правило, сапрофиты являются непатогенными микроорганизмами, однако встречаются микробы, ведущие сапрофитический образ жизни, но обладающие тем не менее патогенностью для человека (возбудитель ботулизма). Сапрофиты в большом количестве встречаются в организме человека, особенно в полостях, сообщающихся с внешней средой. При нарушении механизмов естественного иммунитета (см.) некоторые сапрофиты (кишечная палочка, протей) могут вызвать различные заболевания (сепсис, менингит и др.).