В эпоху феодализма краниотомия разрабатывалась врачами арабской медицины. Авторы медицинских книг того периода рекомендовали в случаях трудных родов при наличии мертвого плода уменьшать объем головки. Операция прободения головки применялась сравнительно часто. Арабская школа создала для выполнения краниотомии целый ряд необходимых инструментов. Ибн Сина (Авиценна) наиболее полно обобщил взгляды арабских врачей в книге «Канон врачебной науки» и подробно описал технику операции как при предлежащей, так и при последующей головке. В случаях гидроцефалии плода он рекомендовал уменьшать размеры головки путем выпускания гидроцефалической жидкости. Ибн Сина большое внимание уделял течению послеродового периода у женщин, роды которых заканчивались плодоразрушающими операциями. Он считал обязательным назначать таким родильницам противовоспалительные и кровоостанавливающие средства.
Плодоразрушающие операции, в том числе и краниотомия, сравнительно часто применялись вплоть до XII века. В середине века в Европе краниотомию почти не применяли. Роженица при патологических родах предоставлялась «божьей воле». Церковь угрожала вечными муками за изгнание (умерщвление) плода. Г. Г. Арутюнян (1946) указывает, что в середине века в Армении плодоразрушающие операции производили только при наличии мертвого плода или в тех случаях, когда жизни матери угрожала смертельная опасность. В тот период в Армении отвергалась сама мысль о возможности сохранения жизни матери ценою смерти плода. «Никто да не осмелится губить ребенка (в чреве) ради спасения жизни матери. Пусть умрет мать, но не ребенок». Такая точка зрения была следствием распространенного взгляда церкви, что если ребенок умирал некрещенным, то вместе с ним погибала и его «божественная» душа.
С эпохи Возрождения (XVI век) начинается период бурного развития акушерской науки. К этому периоду относятся первые попытки научной разработки операции краниотомии.
В связи с тем что в XVI веке французский акушер Ambrois Pare (1550) вновь ввел в акушерскую практику операцию акушерского поворота, что значительно ограничило применение плодоразрушающих операций, краниотомию стали производить значительно реже. Операция акушерского поворота, казалось, была тем средством, которое позволяло при патологических родах обойтись без плодоразрушающих операций, в том числе и краниотомии. В тот период акушеры производили перфорацию головки только мертвого плода. При наличии живого плода они выжидали его гибели и только после этого прибегали к прободению головки. В это же время начали снова применять кесарево сечение.
В XVII веке были изобретены и внедрены в практику акушерские щипцы. С введением операции наложения щипцов число плодоразрушающих операций значительно уменьшилось, хотя при затянувшихся родах по-прежнему прибегали к краниотомии. В этот период еще большее распространение получает операция брюшностеночного кесарева сечения.
В XVIII столетии, которое характеризовалось общим культурным и научным прогрессом, медицина обогащается новыми открытиями. Совершенствуются и отдельные разделы акушерства и гинекологии. Так, в 1777 г. была впервые произведена симфизеотомия, которая, по мнению акушеров того времени, должна была резко сократить показания к применению краниотомии, особенно на живом плоде. Стремясь получить живой плод, акушеры нередко противопоставляли краниотомии другие акушерские операции, как акушерский поворот, наложение щипцов, тазорасширяющие операции, кесарево сечение.