Кишечник плода, находящегося в утробе матери, стерилен. Инфицирование его начинается уже при прохождении родовых путей матери и продолжается после рождения в результате контакта с окружающим миром, но все-таки можно считать, что в течение первых 10—20 часов внеутробной жизни кишечный тракт ребенка почти свободен от бактерий. Это так называемая асептическая фаза.
Дальнейшее инфицирование ребенка идет per os, через носоглотку, верхние дыхательные пути и per anum; интенсивность и характер его в значительной мере зависят от степени и особенностей бактерийного загрязнения окружающей среды. В полости рта очень скоро оказываются стафилококки, стрептококки, пневмококки, Bact. acidophilus, Bact. coli, Вас. bifidus, Вас. perfringens и некоторые другие. В первоначально стерильном меконии в дальнейшем обнаруживаются молочнокислый стрептококк и кишечная палочка; количество их быстро нарастает, к ним присоединяются другие перечисленные выше бактерии. Эта фаза нарастающей инфекции достигает максимального выражения приблизительно на 3-й день жизни и затем постепенно переходит в фазу трансформации кишечной флоры, что обычно совпадает с моментом окончательного установления грудного кормления и с появлением нормального стула.
В нормальном стуле у ребенка, получающего только грудное молоко, преобладает анаэробная палочка — Вас. bifidtis. Bact. coli, Bact. lactis aerogenes, Bact. acidophilus и др. находятся в весьма небольшом количестве. Трансформация кишечной флоры отчетливо выявляется уже к 5—6-му дню жизни ребенка. Такая кишечная флора остается у грудного ребенка до момента введения докорма или прикорма.
У новорожденных, получающих с первых дней жизни искусственное или смешанное вскармливание, бактерийная флора кишечника оказывается несколько иной: фаза бактерийного инфицирования происходит быстрее, но последующей трансформации не наступает, и в дальнейшем среди бактерий преобладают Bact. coli, Bact. acidophilus, Bact. bifidus и энтерококки, находящиеся почти в равных количествах.
По ходу пищеварительного тракта бактерии распределяются неравномерно. Желудок ребенка содержит очень бедную бактерийную флору; здесь обычно встречаются энтерококки, сарцины, стафилококки, дрожжевые грибки и некоторые другие сапрофиты; кишечная палочка либо отсутствует, либо обнаруживается в крайне скудном количестве. Еще меньше бактерий в двенадцатиперстной кишке; здесь встречаются единичные энтерококки, Bact. lactis aerogenes, Вас. bifidus, Bact. acidophilus и некоторые другие. В нижележащих отделах кишечника число бактерии постепенно нарастает, достигая максимума в ободочной и прямой кишках; в нижних отделах кишечника преобладают строгие анаэробы.
У больных детей как при энтеральных, так и при парэнтеральных процессах бактерийная флора значительно видоизменяется, и, кроме того, происходит восхождение бактерий, особенно кишечной палочки, в вышележащие отделы кишечного тракта.
Ребенок, находящийся на искусственном вскармливании, по картине кишечной флоры как бы находится в состоянии постоянной субинфекции. При смешанном вскармливании кишечная флора ребенка в значительной мере приближается к таковой у детей, находящихся на искусственном питании. У детей, вскармливаемых сцеженным женским молоком, бактерийная флора кишечника в большей или меньшей степени отличается от флоры кишечника ребенка, получающего непосредственно грудь матери, что, надо думать, зависит от степени загрязненности сцеживаемого молока.
Бактерии, усиливая гидролиз белков, подвергая углеводы брожению, омыляя жиры и растворяя клетчатку, могут способствовать процессам ферментативного переваривания пищи. В этом их положительная роль. Опасность чрезмерного бактерийного разложения пищи возникает при заболеваниях, когда рост бактерий усиливается; бактерии поднимаются в верхние, обычно почти стерильные отделы кишечного тракта, где и происходит накопление ядовитых продуктов их жизнедеятельности. Усиление роста бактерий обычно сочетается с угнетением и извращением секреции пищеварительных, соков; активность ферментов при этом ослабевает, изменяется концентрация водородных ионов и т. д.
Бактерии могут расщеплять углеводы до стадии углекислоты, жиры — до низших жирных кислот и газов, белки — до аммиака и сероводорода с образованием ядовитых протеиногенных аминов и других продуктов. Все эти начала не могут считаться безразличными для детей, особенно раннего возраста.
Бактерии кишечника, несомненно, принимают большое участие в синтезе и в разрушении витаминов. В этом отношении нормальная бактерийная флора играет положительную роль, способствуя образованию витаминов, особенно группы В и витамина К. Однако бактерии могут оказывать и противоположное влияние, разрушая или усиленно используя витамины, вводимые с пищей, что способствует развитию у детей состояний гиповитаминозов.